Soudce Jan Šott předložil obsáhlé písemné odůvodnění rozsudku v kauze Čapí hnízdo. Dokument o přibližně 150 stránkách podrobně rozebírá proces dokazování: písemné materiály, znalecké posudky a výpovědi svědků, mezi nimi i výpověď stavebního technika Jana Bareše. Odůvodnění popisuje, jak soud vážil jednotlivé důkazy a jaké právní závěry z nich plynou.
Soudce v textu opakovaně upozorňuje, že řada důkazů není zcela průkazná a některé okolnosti vyvolávají pochybnosti o jednoznačném prokázání trestného činu. Současně však Šott dospěl k závěru, že předložené důkazy ve svém souhrnu umožňují učinit závěr o vině natolik, aby bylo možné uložit trestní sankce. Jinými slovy: i přes zjištěné rozpory a nejasnosti soud usoudil, že jeho přesvědčení o vině obžalované je dostatečné pro vynesení trestu.
Podle rozsudku byla obžalovaná Jana Nagyová odsouzena k podmíněnému trestu odnětí svobody a peněžitému trestu. Nagyová se proti rozsudku odvolala; věc tak postoupí k posouzení odvolacímu soudu. Odvolací řízení může přinést revizi hodnocení důkazů i právních závěrů krajského soudu.
Kauza Čapí hnízdo se dotýká i dalších aktérů, včetně Andreje Babiše; průběh stíhání a právní postavení jednotlivých osob se však v průběhu různých fází a v jednotlivých případech lišily. To znamená, že zatímco u Nagyové padl rozsudek prvního stupně, u jiných subjektů může být situace odlišná a právní následky mohou být řešeny samostatně.
Definitivní rozhodnutí o vině či trestu v této části sporu tedy stále může přijít v odvolacím řízení, případně v následných instancích. Šottovo podrobné odůvodnění poskytuje odvolacímu soudu rozsáhlý materiál k přezkumu právních závěrů i hodnocení důkazů; jeho závěry však nejsou konečné, dokud o věci nerozhodne soud odvolací nebo vyšší soudní instance.
